DIA（Data Independent Acquisition）蛋白質(zhì)組學(xué)
產(chǎn)品簡介
DIA（Data Independent Acquisition）蛋白質(zhì)組學(xué)是一種基于質(zhì)譜技術(shù)的非標(biāo)記蛋白質(zhì)分析方法，其技術(shù)原理在于使用預(yù)設(shè)的質(zhì)荷比（m/z）窗口對所有肽段進(jìn)行統(tǒng)一掃描，而不是根據(jù)前置掃描的結(jié)果選擇特定的肽段進(jìn)行掃描。這種全面掃描的方式使得DIA技術(shù)能夠同時(shí)分析更多的蛋白質(zhì)和肽段，提高了蛋白質(zhì)組學(xué)研究的深度和廣度，適合大樣本量的蛋白質(zhì)定量研究。
技術(shù)優(yōu)勢
1.全面性：Direct DIA技術(shù)能夠同時(shí)檢測樣品中的所有蛋白質(zhì)，無需事先選擇或篩選目標(biāo)蛋白質(zhì)，從而確保了數(shù)據(jù)的全面性。
2.高通量：由于采用了非選擇性的掃描方式，DIA技術(shù)能夠在短時(shí)間內(nèi)處理大量的樣品，提高了分析效率。
3.高準(zhǔn)確性和可重復(fù)性：在2017年一篇發(fā)表于Nature Communications的論文中，研究者選取位于全球不同地點(diǎn)的11家質(zhì)譜檢測實(shí)驗(yàn)室，采用同樣的樣品收集及信息分析流程，對DIA技術(shù)進(jìn)行準(zhǔn)確性和重復(fù)性評估，結(jié)果表明基于DIA技術(shù)進(jìn)行的蛋白質(zhì)定量檢測有非常好的準(zhǔn)確性和可重復(fù)性。
儀器平臺
Thermo Scientific Q Exactive HF-X
Thermo Scientific Orbitrap Fusion Lumos
Thermo Scientific Q Exactive
服務(wù)流程
分析內(nèi)容
標(biāo)準(zhǔn)分析內(nèi)容 | |
質(zhì)控評價(jià) | QC樣本評價(jià)；組間樣本鑒定評價(jià)；樣本定量波動(dòng)評價(jià)；DIA體系評價(jià) |
蛋白質(zhì)鑒定分析 | 鑒定與定量結(jié)果統(tǒng)計(jì)；單個(gè)樣本蛋白質(zhì)鑒定結(jié)果統(tǒng)計(jì)；韋恩圖；主成分分析；蛋白質(zhì)豐度分析 |
差異蛋白分析 | 差異蛋白統(tǒng)計(jì)；火山圖；箱線圖；聚類熱圖 |
功能分析 | 亞細(xì)胞定位；GO富集分析；KEGG/Reactome通路分析；GSEA分析；轉(zhuǎn)錄因子分析；互作網(wǎng)絡(luò)分析； |
個(gè)性化分析 | 與客戶協(xié)商后按實(shí)際情況執(zhí)行 |
送樣建議
樣本類型 | 推薦起始量 | 建議樣品處理流程 |
細(xì)胞 | >5×106
| 貼壁細(xì)胞 1.傾掉培養(yǎng)基，用PBS清洗3次，加入胰酶； 2.消化好的細(xì)胞轉(zhuǎn)入EP管，室溫3000g離心5min，棄掉上清； 3.PBS清洗3次，上清吸凈，細(xì)胞沉淀立即-80℃冰箱儲存。 或者 1.傾掉培養(yǎng)基，用PBS清洗3次后加入裂解液； 2.細(xì)胞刮刮細(xì)胞培養(yǎng)板，收集細(xì)胞裂解液，立即-80℃冰箱儲存。 懸浮細(xì)胞 1.3000×g離心5min收集細(xì)胞沉淀； 2.PBS清洗3次，立即-80℃冰箱儲存。 |
動(dòng)物組織 | >15mg | 1.取目標(biāo)部位組織，迅速取材且大小均一，將組織切成0.5cm左右的小塊； 2.組織小塊浸入PBS，洗掉組織中殘留的血； 3.用無塵紙吸凈表面的液體，立即-80℃冰箱儲存。 |
植物組織 | >50mg | 1.選取干凈的目標(biāo)部位組織，迅速取材且保證取材均一；將組織剪成0.5cm左右的小塊； 2.組織立即-80℃冰箱儲存。 |
微生物 | >20mg | 1.收集菌體培養(yǎng)物，3000g離心5min，棄掉培養(yǎng)基； 2.PBS清洗3次，保留細(xì)菌沉淀，-80℃冰箱儲存。 |
血清/血漿 | >50μL | 血清 取普通采血管收集血液，室溫靜置，上層洗出的液體即為血清。 血漿 取抗凝采血管收集血液，使血液與管壁充分接觸，1000×g 4℃離心10-15min,上層即為血漿。 |
結(jié)果展示
案例分析
北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部精準(zhǔn)醫(yī)療多組學(xué)研究中心主任黃超蘭團(tuán)隊(duì)，與中國科學(xué)院院士高福團(tuán)隊(duì)合作在Nature Communications雜志發(fā)表了題為：Immune suppression in the early stage of COVID-19 disease的研究論文。研究者對來自健康志愿者，COVID-19患者和非COVID-19肺炎患者的尿液樣本開展了基于DIA方法的定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析。結(jié)果顯示，與健康志愿者和非COVID-19肺炎患者相比，共有1986個(gè)蛋白在COVID-19患者體內(nèi)發(fā)生顯著變化，其中下調(diào)蛋白比上調(diào)蛋白的總數(shù)多出十倍，大量參與免疫應(yīng)答和緊密連接形成的蛋白均呈現(xiàn)下調(diào)狀態(tài)。該研究發(fā)現(xiàn)早期的新冠感染患者存在著顯著的免疫抑制，并提出COVID-19的發(fā)病機(jī)制或存在“兩階段”模式：一階段涉及免疫系統(tǒng)抑制、緊密連接受損以及大規(guī)模的代謝紊亂；二階段涉及部分免疫應(yīng)答激活，可能進(jìn)一步導(dǎo)致細(xì)胞因子風(fēng)暴和器官損傷的發(fā)生。
